چند روش مختلف برای جراحی سرطان رکتوم وجود دارد. انتخاب هر یک از این روش ها بستگی به محل توده سرطانی، آناستوموز پذیر بودن و محل انجام آناستوموز در رکتوم دارد. جراحی سرطان رکتوم را میتوان به صورت جراحی باز یا جراحی کم تهاجمی انجام داد.

جراحی سرطان رکتوم به روش هآی آنتریور ریسکشن (High anterior resection)
جراحی به روش هآی آنتریور ریسکشن رایج ترین روش جراحی سرطان رکتوم است. در این روش، بخش انتهایی کولون نزولی به همراه بخش ابتدایی رکتوم برداشته میشود؛ سپس دو سر آنها به یکدیگر متصل میشود. همچنین، یک مخرج موقت (استوما) نیز در شکم بیمار ایجاد میگردد. هنگام جراحی گره های لنفاوی و بافت چربی اطراف نیز خارج میگردد.

جراحی سرطان رکتوم به روش ابدومینو پرینیال ریسکشن (Abdominoperineal Resection (APR))
در این روش، کولون سیگموئید و تمام رکتوم به همراه مقعد برداشته میشود. یک مخرج دائمی نیز از کولون نزولی بر دیواره شکم ایجاد میگردد (کولوستومی). ناحیه مقعد نیز پس از بخیه زدن به طور دائمی مسدود میگردد. از این روش هنگامی استفاده میشود که سرطان در نزدیکی ماهیچه های منقبض کننده مقعد ایجاد شده باشد. همچنین، در صورتی که جراحی سرطان با احتمال پیدایش بی اختیاری مدفوعی (Incontinence) ـ ادراری و مشکلات نعوظ (Erection) همراه باشد، از روش برش برداری مقعدی استفاده میشود.

جراحی سرطان رکتوم به روش آلترا لو آنتریور ریسکشن (Ultra-low anterior resection)
در این روش، بخش انتهایی کولون نزولی، کولون سیگموئید و تمام رکتوم به همراه چربی و گره های لنفاوی اطراف برداشته میشود. در ادامه، بخش باقی مانده از کولون نزولی درست در نزدیکی مقعد به کانال مقعدی متصل میگردد. در این روش ممکن است مجرای دیگری نیز برای دفع مدفوع در نظر گرفته شود.

جراحی سرطان رکتوم به روش جی پاچ (Colonic J-pouch)
در این روش، تمام کولون نزولی به همراه رکتوم برداشته میشود. سپس، کیسه ای به شکل حرف J انگلیسی از بقای برجای مانده از روده ایجاد میگردد. بدین منظور، ابتدا بخشی از روده روی هم تا زده و بخیه میشود. سپس، دیواره های داخلی که در تماس با یکدیگر هستند برداشته میشود تا چیزی شبیه به یک کیسه ایجاد گردد. وظیفه این کیسه، ذخیره و نگهداری مدفوع است. این کیسه اغلب در همان نقطه ای که رکتوم قرار دارد، ایجاد میگردد. همچنین، یک مخرج نیز در دیواره شکم به بیرون باز میشود و یک سر ایلیوم به آن متصل میگردد (ایلیوستومی). این مخرج موقت بوده و پس از بهبودی کیسه (جی پاچ) دوباره بسته میشود.

یکی از مزایای جراحی سرطان رکتوم به روش جی پاچ، کنترل دفع ارادی مدفوع است. این امر به علت برنداشته شدن مقعد و ماهیچه های اطراف آن است. عوارض این روش شامل التهاب کیسه (پوچیتیس (Pouchitis) )، کم آبی (دهیدراسیون (Dehydration) ) و کاهش نمک بدن است.

جراحی موضعی (Local excision surgery)
از روش جراحی موضعی هنگامی استفاده میشود که سرطان روده در مراحل اولیه خود تشخیص داده شود؛ یا اینکه وضعیت و شرایط بیمار مناسب برای جراحی های وسیع تر نباشد. بدین منظور، ابتدا دستگاهی به نام آندوسکوپ از راه مقعد به داخل روده بیمار وارد میشود. سپس، محل دقیق سرطان مشخص شده و توده سرطانی برداشته میشود. به این روش جراحی، ترانس آنال میکروسرجری (Transanal endoscopic microsurgery (TEMS)) گفته میشود.

گاهی توده سرطانی در بخش های انتهایی رکتوم و در نزدیکی مقعد ایجاد میشود. در چنین مواردی، ممکن است نیاز به استفاده از آندوسکوپ نباشد و جراح بتواند توده سرطانی را به همان روش های معمول از راه مقعد خارج نماید. به این روش، ترانس آنال اِکسیژن (Transanal excision (TAE)) گفته میشود.
روش نه چندان رایج دیگری که برای جراحی تومورهای کوچک موجود در کولون استفاده میشود، روش کولونوسکوپیک اِکسیژن (Colonoscopic excision) است.

گاهی ممکن است به طور هم زمان دو توده سرطانی در دو نقطه متفاوت از روده ایجاد گردد. این توده‌ها در جریان آزمایش های تشخیصی یا هنگام جراحی تشخیص داده میشوند. در چنین مواردی، جراحی را میتوان به یکی از 3 روش زیر انجام داد:
1. دو بخش مجزا از روده بریده و از بدن خارج شود؛
2. یک برش بزرگ ایجاد گردد که هر دو توده سرطانی را در بر بگیرد؛
3. تمام کولون به همراه رکتوم را برداشت (پروکتوکولکتومی) و بدین ترتیب از خطر عود دوباره سرطان پیشگیری نمود.
انتخاب هر یک از این روش های جراحی بستگی به مواردی هم چون محل پیدایش تومور، ژنتیک، خطر عود دوباره سرطان و وضعیت بالینی بیمار دارد. البته در مورد انتخاب روش های درمانی با بیمار نیز صحبت میشود و نظر او نیز مد نظر قرار میگیرد.